De Sleutelbloem werkt met onderwijsteams. Elk onderwijsteam bestaat uit een aantal mentorgroepen. De mentorgroepen zijn gemengde groepen van 2 of 3 leerjaren. De leerlingen werken in de ochtend groepsdoorbrekend en krijgen instructie en verwerking op niveau. De leerkrachten zijn gezamenlijk verantwoordelijk voor het onderwijs in het onderwijsteam. Het team bestaat uit (specialistische) leerkrachten, een regiehouder, onderwijsassistenten, leraarondersteuners en studenten. Binnen het onderwijsteam wordt er gebruik gemaakt van taak- en functiedifferentiatie. Oftewel, elk teamlid wordt ingezet voor werkzaamheden die goed aansluiten bij haar of zijn kwaliteiten. Het onderwijsteam 5/6 en 7/8 werkt met een weekplanning voor de leerkracht en een gepersonaliseerd rooster voor de leerling. In de middag wordt er thematisch, vakdoorbrekend en leerjaardoorbrekend gewerkt.

In de onderwijsteams 1-2-3, 4-5 en 6-7-8 wordt groepsdoorbrekend gewerkt. Elk onderwijsteam bestaat uit meerdere mentorgroepen. De leerlingen van de mentorgroepen krijgen instructie passend bij de leerniveaus en onderwijsbehoeften. De dag start in de mentorgroep met de mentor. De dag wordt doorgesproken en er worden afspraken gemaakt. De dag eindigt ook in de mentorgroep door een nabespreking van de dag.

Het groepsdoorbrekend werken geeft de leerkracht meer tijd voor instructie en begeleiding. Er is aandacht voor herhaling en duidelijke voorbeelden van de leerkracht tijdens de groepsinstructie. Daarna volgt de interactie tussen leerkracht en leerling tijdens begeleid inoefenen. Er wordt gewerkt met het IGDI model (interactief gedifferentieerd directe instructie). De leerkracht kan door deze organisatievorm meer tijd vrij maken voor de plusleerlingen en de zwakke leerlingen. De instructie wordt beter afgestemd op de behoefte van de groep en de leerling.